1. Le flux de détection de l'instrument
La première chose à considérer est la fréquence à laquelle le laboratoire doit utiliser un instrument de PCR quantitative. David Ginzinger, responsable de l'équipement d'analyse du génome à l'Université de Californie, San Francisco Cancer Center, a testé la plupart des appareils de PCR quantitative sur le marché. Il a dit que s'il n'est pas utilisé à grande échelle, par exemple, il est principalement utilisé pour tester des gènes connus, il n'a pas besoin de produits haut de gamme coûteux. Mais pour les laboratoires qui ont besoin de trouver de nouveaux médicaments cibles et marqueurs de maladies, ils ont besoin d'instruments pouvant contenir des plaques à 384 puits et fonctionner plus rapidement. Cependant, seul un tel instrument à haut débit n'est pas assez rapide et vous constaterez que la préparation des échantillons devient un goulot d'étranglement pour la limitation du débit. Par conséquent, les laboratoires à haut débit nécessitent souvent d'autres instruments automatisés. Tant que le bouton est enfoncé, l'instrument traite automatiquement les échantillons, purifie les acides nucléiques et prépare les modèles de PCR.
2. La capacité d'amplification multiple
L'amplification multiple se réchauffe. L'équipement de PCR quantitative en temps réel n'est pas à l'abri. L'instrument de PCR quantitatif haut de gamme possède plusieurs canaux de détection, de sorte que l'instrument peut détecter le processus d'amplification de plusieurs modèles dans le même réservoir d'échantillon. Le nouveau LightCycler2.0 dispose de 6 canaux de détection, 3 de plus que l'original. SmartCyclerⅡ dispose de 4 canaux de détection. Stratagene, célèbre pour ses produits de bibliothèque, possède également un instrument de PCR quantitative Mx3000P avec moins de la moitié du prix de Roche et une bonne réputation, soit 4 canaux de détection. Cependant, l'amplification multiple ne convient pas à tout le monde car elle complique l'expérience.
3. Logiciel
Lorsque vous êtes prêt à choisir un instrument de PCR quantitative, vous devez vérifier le logiciel joint. Est-il pratique à utiliser, pouvez-vous effectuer l'analyse dont vous avez besoin, il existe plusieurs formats de sortie. Cependant, vous devez vérifier si le logiciel trop facile à utiliser est relativement simple et ne peut pas effectuer de calculs complexes. Le logiciel précédent vous oblige à effectuer une analyse plus approfondie. Le nouveau logiciel peut déjà tout gérer. En plus des fonctions de base, certains logiciels peuvent également avoir plus de fonctions, telles que la conception d'amorces et de sondes, la conception d'analyses multiples, la correction d'arrière-plan, la normalisation des données, etc. Willian Demyan, chef du département des applications et des services techniques du département des sciences appliquées de Roche, a souligné que la PCR quantitative est un processus d'amplification géométrique. Au début, il y a une différence de copie et les résultats varient selon l'ordre géométrique.
4. Souplesse
L'équipement de laboratoire occupé à grande échelle est certainement enviable, et les laboratoires conventionnels peuvent également avoir de merveilleux choix. Les fournisseurs actuels disposent de nombreux experts techniques, non seulement pour comprendre vos besoins actuels, mais aussi très réfléchis pour que vous puissiez envisager d'éventuels changements de demande futurs, tels que la fourniture d'une variété d'accessoires et de modules évolutifs. MyCycler de BioRad peut sélectionner des modules et passer à une quantification en temps réel. L'instrument de PCR quantitative d'ABI a une variété de différents réservoirs d'échantillons, qui peuvent transformer des réservoirs de 96 puits en doubles réservoirs de 384 puits pour répondre à certaines exigences à haut débit. Pour les laboratoires qui viennent de commencer à pratiquer la qPCR en petites quantités, l'instrument de PCR quantitative SmartCycler II est un bon choix. Un module de base dispose de 16 réservoirs d'échantillons de contrôle de température indépendants, et 16 expériences complètement indépendantes peuvent être effectuées en même temps ou avant et après. «Accès»: lorsque le laboratoire a besoin d'une expérience à plus grande échelle, elle peut être mise à niveau de façon très économique, de 1 à 6 modules de base, soit 96 puits d'échantillonnage. Bien que les plaques à 96 puits ne puissent pas être utilisées, lorsqu'un étudiant commence une petite quantité d'expériences, d'autres peuvent également se connecter à tout moment pour démarrer leurs propres expériences indépendantes, et elles n'interfèrent pas les unes avec les autres, ce qui augmente la flexibilité. C'est une option très flexible pour les laboratoires qui ne disposent que d'un petit nombre d'expériences et ont un budget serré au départ.
5. Incertitude
Bien que le logiciel puisse être partiellement corrigé, il vaut mieux acheter un instrument avec des erreurs moins systématiques sans nécessiter autant de corrections de calcul que par calcul. Cinzinger estime qu'une attention particulière devrait être accordée aux différences entre les puits d'échantillonnage de l'instrument. En plus des différences de température bien connues entre les trous d'échantillonnage, il existe également de petites différences dans la distance du chemin optique entre le trou d'échantillon et la sonde de détection, la légère différence de longueur de la fibre chargée d'envoyer et de recevoir et de transmettre des signaux, la petite différence de distance et d'angle entre la lentille et le trou d'échantillon, et même L'effet de la cellule échantillon sur la transmission du signal. Cinzinger a effectué le même test sur la plupart des instruments de PCR quantitative disponibles dans le commerce, il amplifie les mêmes échantillons et réactifs en temps réel dans chaque puits de l'instrument. Malheureusement, plusieurs fois, il y aura des résultats différents entre les différents puits d'échantillonnage.
6. Sélection de kits
Bien que le personnel de vente se vante d'excellents kits de contrôle de la qualité et que les solutions obtiennent des résultats individuels, mais l'achat de kits standard n'est pas une solution aux différences. Des expériences d'évaluation sérieuses et des expériences analytiques sont les solutions.